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一、成像硬件的選型
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬件有拍照成像的、掃描成像的。由攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。然而，拍照成像的致命弱點是：成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，想要做到圖像中心與邊緣保持*一致，是不可能的。從而引起平皿上亮度的不一致，這就嚴重干擾了菌落目標的自動識別。因此，如果要選購拍照成像的，其分析軟件就一定要具有背景矯正功能，以便自動改善成像的效果。掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，因此光線強度非常均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，從成像硬件的根本上解決了菌落目標的亮度不勻問題，因此計數分析非常穩定。目前，以300dpi分辨率(3482×2396像素成像)掃描6個90mm直徑平皿的速度，暗視野成像約12秒、背光成像約20秒，就其成像速度而言，與單反相機、卡片機拍照成像的速度相當。由于掃描成像的光線均勻度遠遠高于拍照成像，為獲得高質量的成像效果，以便實現“傻瓜式”分析。掃描成像的另一優點是：成像分辨率可調，單平皿成像**可達4800dpi(即：25.4/4800=0.00529mm/像素)，是任何拍照成像遠不及的。可以預期：掃描成像將很快成為主流選擇。
二、分析軟件的選型
分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對于各類成像干擾的自動排出能力。比如：是否能自動矯正背景，等等。另外，對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標。尤其是：對于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計數能力，以及對于菌落計數分類的自動識別學習能力，更是評價分析軟件的關鍵考量指標。現在比較好的分析軟件，還集成了對6個90mm直徑平皿的抑菌圈全自動測量功能，以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能，可避免用戶重復購置成像用的硬件。一般分析軟件都具應具備對于分析結果和標記圖像的保存、查看功能。
