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1、自然沉降法
自然沉降法是1881年由德國細菌學家Koch建立的，它是讓測定區域空氣中的微生物氣溶膠顆粒由于重力作用，在一定時間內逐步沉降到帶有培養介質平板內的一種采樣方法。自然沉降法是空氣中微生物氣溶膠采集常用的方法之一，我國的醫療衛生機構在調查空氣中微生物氣溶膠的分布和粒譜時也常常選擇自然沉降法，因為它使用方便，操作簡單，經濟，能夠初步了解某環境空氣中細菌的污染狀況。
2、撞擊法
撞擊法是指空氣中微生物氣溶膠顆粒獲得足夠的慣性后，脫離氣流撞擊于固體平板上的一種采樣方法，這類采樣器能作空氣微生物的定量測定。
固體撞擊式采樣器常見的是安德森（Andersen）采樣器。此外，還有我國自行研制的JWL型采樣器、THK系列和MTM系列采樣器、英國的Casella裂隙式采樣器等。
Andersen采樣器是一種6級篩板式空氣微生物采樣器，通過模擬人體呼吸道的結構及空氣動力學特征進行采樣。Andersen采樣器由6個帶有400個微細圓形孔的金屬撞擊圓盤組成，每個圓盤的圓孔孔徑由上到下遞減，而氣流速度則由上到下遞增，盤下放置裝有培養基的平板，使空氣微生物氣溶膠顆粒按其大小逐級撞擊在6層培養基平板上。
Andersen采樣器各級捕獲的微粒直徑為：第1級＞7.0μm；第2級4.7~7.0μm；第3級3.3~4.7μm；第4級2.1~3.3μm；第5級1.1~2.1μm；第6級0.65~1.1μm。
3、沖擊法
沖擊式采樣器中常用的是液體沖擊式采樣器Porton采樣器、AGI-30采樣器、Shipe采樣器和多級液體撞擊式采樣器等。
Porton采樣器是由英國生物研究中心Porton制造的，它使用方便、價格低廉、易消毒、可以反復使用、有效地延伸了采樣器的檢測范圍，適用于高濃度的空氣微生物采樣。此外，采樣液的保護作用使得Porton采樣器可以采集到脆弱的微生物，如病毒和立克次氏體的采樣。由于采樣器采集的是液體樣本，使用者可以隨時對樣本進行檢測，了解空氣中微生物的構成，測出空氣中活微生物數量。
Porton采樣器采集的是液體樣本，所以可以同時進行多種實驗，選用不同的測定方法分別分析。此外，可以加入適宜的營養液或保存液于液體樣本中，使微生物能長期保存。
空氣微生物采樣器的選擇應該結合采樣目的、對象和環境、采樣器的靈敏性等情況，同時能盡可能反映樣本的原始狀態來綜合判斷。
